פורום תוכיפדיה
מיצוי DNA מצמח הפטל - גרסה מובנת להדפסה

+- פורום תוכיפדיה (https://tukipedia.com)
+-- פורום: חומרי עזר למגדל (https://tukipedia.com/forumdisplay.php?fid=13)
+--- פורום: מאמרים וכתבות (https://tukipedia.com/forumdisplay.php?fid=18)
+---- פורום: רבייה וגנטיקה (https://tukipedia.com/forumdisplay.php?fid=27)
+---- אשכול: מיצוי DNA מצמח הפטל (/showthread.php?tid=1416)

מיצוי DNA מצמח הפטל - yinon236 - 10-28-2019

[Image: Q5F2Rtp.jpg]
[Image: ULsssSa.gif]
מיצוי DNA מצמח הפטל
ניסוי מעבדה במעבדת ביולוגיה בית הספר קלעי גבעתיים 27/10/19
[Image: vMBCNxX.jpg]
מטרת המעבדה: לתרגל הפקת DNA  מפטל (קפוא של סנפרוסט) בעזרת ציוד ביתי
ציוד
  • מספר גרגירי פטל
  • בופר (מורכב מ-10% סבון כלים, 80% מים, 10% מלח)
  • מכתש ועלי
  • פד סינון (פד גזה)
  • שלוש מבחנות
  • פקק למבחנה
  • שני משפכים
  • סטנד למבחנות
  • אתנול 95% קר מהמקפיא
  • מקל אוזניים
  • פנול אדום
  • פיפטה בנפח 10 מ"ל
מהלך העבודה
  1. במכתש מונחים מספר גרגירי פטל הוסף אליהם 10 מיליליטר בופר וכתוש את הפטל עד לקבלת תמיסה אחידה ללא חלקים מוצקים.
  2. רשום את השעה והמתן 5 דקות.
  3. בזמן הזה שים את המשפך במבחנה. הנח בתוכו שני בדי סינון אחד על גבי השני. (סינון מוצלח הוא תנאי הכרחי (קריטי) להצלחת הניסוי ולכן חשוב להקפיד על השלב הזה.
  4. אחרי שעברו חמש דקות שפוך את החומר בעלי דרך בדי הסינון.
  5. הוסף עוד 5 מיליליטר בופר שטיפה למכתש. אם עדיין יש במכתש חתיכות מוצקות יש לכתוש אותם.
  6. שפוך את החלקיקים שנותרו במכתש דרך המשפך אל המבחנה.
  7. אם רק חלק מהנוזל עובר ניתן ללחוץ על פד הגזה שבמשפך כדי "לסחוט" את הנוזל שבו אל המבחנה.
  8. קח את המשפך השני ושים אותו במבחנה חדשה הוסף אליו שני פדי גזה.
  9. שפוך לתוך המשפך את כל "תמצית הפטל". (מטרת שלב זה היא לבצע סינון נוסף שיעזור להיפטר מהחלקים המוצקים בתמצית).
    ניתן לחזור על שלב 7 לפי הצורך.
  10. בקש מעובד המעבדה (הלבורנט) או מורה שימזוג לך לפי אתנול למבחנה השלישית.
  11. מזוג את האתנול לאט ובזהירות למבחנה עם הפטל תוך כדי הטיית המבחנה עם התמצית.
  12. רשום את השעה והמתן 10 דקות.
    במהלך הזמן הזה אמורות להיווצר שתי פאזות (שכבות), בתחתונה יהיה מיצוי הפטל ובעליונה יהיה האתנול עם ה- DNA, הDNA  יראה כמו רוק בחלק העליון של המבחנה.
  13. השתמש בצד העץ של מקל האוזניים כדי להרים את מולקולת ה- DNA אל כוס המדידה.
  14. טפטף מספר טיפות של פנול אדום על מולקולת ה- DNA.
הקדמה
ה- DNA הוא החומר התורשתי שמצוי בכל היצורים החיים בתאים הָאֵיקַרְיוֹטִים (יצורים תאיים בעלי גרעין ואברונים) כתאים בעלי גרעין ה- DNA מצוי אך ורק בגרעין והוא אינו יוצא משם בשום שלב במחזור התא.
לעומת זאת, בתאים פרוקריוטים (יצורים בעלי תא אחד חסרי גרעין) ה- DNA מפוזר בַּצִיטוֹפְּלַזְמָה  (החלק הכולל את כל אברוני התא פרט לגרעין) ומכאן שהוא נתון לסכנה גדולה יותר (סכנה של פירוק על ידי אנזימים או על ידי חומרים רעילים).
בניסוי הנוכחי נפיק DNA  מתאי פטל. תאי פטל הם תאים של צמח ולכן הם עטופים בדופן קשיח.

תזכורת
קרום התא בנוי משני חומרים עיקריים: שומנים וחלבונים, לכן על מנת לפרק את קרום התא יש צורך להמס את השומנים ולפרק את החלבונים.
גם הגרעין עטוף באותו קרום, הקרום הוא גם מסביב לכל התא וגם מסביב לגרעין משום שקרום התא הוא מבנה אוניברסלי.
כדי להמס את קרום התא נוסיף תמיסה שנקראת תמיסת בופר.
תמיסת בופר מכילה בתוכה דטרגנט שמפרק שומנים וחלבונים.
לבופר יש תפקיד נוסף והוא לבלום שינויים ב- PH.

תיאור הניסוי בתמונות
[Image: IeTJbes.jpg][Image: erk5IZ2.jpg]
לקיחת 10 מיליליטר בופר 
[Image: bk7aaSt.jpg][Image: 1jqwLYm.jpg][Image: ru9Sw3t.jpg]
סרטון כתישת הפטל עם תמיסת הבופר: 


[Image: x1eFlg4.jpg][Image: 81fIgoY.jpg]
לאחר 5 דקות נבצע סינון ראשוני אל תוך המבחנה
[Image: 1svx37r.jpg][Image: HsW4RPn.jpg][Image: TeDVdi9.jpg]
נותרו חתיכות פטל גסות לכן היה צריך לסחוט, ראו סרטון:


ועכשיו סינון שני במבחנה חדשה: 
[Image: t6rWRPd.jpg][Image: gmqQJnA.jpg]



לאחר הסינון השני שופכים אתנול למבחנה
[Image: LGIBEcB.jpg][Image: nlkaw0M.jpg]
סרטון התוצר: 


מחכים 10 דקות ולאחר 10 דקות רואים בבירור את שכבת ה- DNA
[Image: jAXU1bz.jpg][Image: waHs2ez.jpg][Image: 1oWl49I.jpg][Image: kqkJCdJ.jpg]
הרמת מולקולת ה DNA   לתוך כוס המדידה
[Image: vfyw8Tf.jpg][Image: biSAml9.jpg][Image: oBtgTvJ.jpg]
הוספת פנול אדום (בסוף תבינו למה להוסיף ותבינו למה זה יצא צהוב)
[Image: 8OtKB8g.jpg]


הנוזל הפך לצהוב
[Image: KF0Ijil.jpg][Image: xURCCSg.jpg]
ולבסוף ניקיון הכלים
[Image: 44Hwcns.jpg][Image: V2ajYrH.jpg][Image: n8TxaFp.jpg][Image: KBXRkHY.jpg]
סיכום
הפקת ה- DNA  נעשתה בשלושה שלבים:
[Image: 9AbXsT1.gif] השלב הראשון היה שלב שבו שברנו באופן מכנית את דופן התא (על ידי כתישה) והוספנו גם תמיסת בופר לשם פירוק השומנים והחלבונים על קרומי התא.
[Image: 9AbXsT1.gif] השלב השני היה שלב הסינון, שבו הפרדנו בין חלקיקי תאים שבורים שנשארו על הגזה, ובמבחנה קיבלנו נוזל עם DNA, מים, וסוכר.
     הנוזל הזה מכונה מיצוי.
[Image: 9AbXsT1.gif] השלב השלישי נועד כדי להפריד את ה- DNA  מיתר המיצוי, הדבר התבצע בעזרת אלכוהול קר.
[Image: 9AbXsT1.gif] מה עשה האלכוהול? - האלכוהול גרם להיפרדות מולקולות ה- DNA מהתמיסה הממית שכן האלכוהול פחות קוטבי מהמים.
    ככול שהאלכוהול קר יותר כך מסיסות ה- DNA במים יורדת עוד יותר. וה- DNA ייפרד מהתמיסה.
[Image: 9AbXsT1.gif] במבחנה קיבלנו פזות = שכבכות, כאשר השכבה העליונה הייתה ה- DNA.
[Image: 9AbXsT1.gif] לסיום הוספנו אינדיקטור, פנול אדום - הוספנו אותו לשם כדי לוודא שמה שהופק הוא אכן  DNA.
     ל- DNA יש אופי חומצי בזכות הזרחן שבנוקליאוטיד (בנוקליאוטיד - ראש זרחה) 
     האינדקטור פנול אדום משנה את צבעו בסביבה חומצית - מאדום לצהוב.
[Image: 9AbXsT1.gif] בתמונה הוספתי לכוס עם ה-DNA והפנול אדום מים, שנתנו בסיסיות והסביבה נעשתה פחות חומצית ולכן החומר שינה בחזרה את צבעו לאדום.
[Image: VB2Bklj.jpg]
  היה נחמד מאוד לֵב